หัวมันสดส่วนหนึ่งจะถูกแปรรูปเป็นมันเส้นและมันอัดเม็ดใช้เป็นอาหารสัตว์ ที่ผ่านมาประเทศไทยเป็นผู้ส่งออกมันอัดเม็ดรายใหญ่ที่สุดของโลก ส่วนใหญ่นำไปใช้เลี้ยงสัตว์ โดยตลาดหลักได้แก่ ประเทศไทย สหภาพยุโรป (อียู) ซึ่งเคยส่งออกได้ปีละ 5.5-7 ล้านตัน ในขณะที่การใช้มันสำปะหลังเป็นอาหารสัตว์ในประเทศในขณะนั้นยังน้อยมาก ทว่าตั้งแต่ปี พ.ศ. 2536 เป็นต้นมา สหภาพยุโรปมีนโยบายลดการสนับสนุนทางการเกษตร (CA reform policy) อย่างต่อเนื่อง ทำให้ธัญพืชในสหภาพยุโรปมีราคาลดลง ส่งผลให้มันอัดเม็ดในสหภาพยุโรปมีราคาลดลง และการใช้มันอัดเม็ดในอาหารสัตว์ก็ลดลงตามไปด้วย
การส่งเสริมการใช้มันสำปะหลังเป็นอาหารสัตว์ในประเทศ เพื่อลดการพึ่งพาตลาดส่งออกให้น้อยลง ในปี พ.ศ. 2540 มูลนิธิสถาบันพัฒนามันสำปะหลังแห่งประเทศไทย ร่วมกับศูนย์ค้นคว้าและพัฒนาวิชาการอาหารสัตว์แห่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้ดำเนินโครงการถ่ายทอดเทคโนโลยีและการส่งเสริมการใช้มันสำปะหลังเป็นอาหารสัตว์ในประเทศไทย โดยในช่วงแรกเกษตรกรผู้เลี้ยงสัตว์ยังไม่ค่อยให้การยอมรับเท่าใดนัก เพราะมีความคิดไม่ถูกต้อง และมีความไม่เข้าใจเกี่ยวกับมันสำปะหลังมาก่อน แต่ด้วยสถานการณ์และความจำเป็นบังคับ เนื่องจากผลพวงของวิกฤตเศรษฐกิจที่ทำให้วัตถุดิบอาหารต่าง ๆ มีราคาแพงขึ้น เพราะการลดค่าเงินบาท แต่ราคาสัตว์ชีวิตตกต่ำ เนื่องจากกำลังการบริโภคของประชาชนลดลง ประกอบกับราคามันสำปะหลังในขณะนั้นก็ตกต่ำมาก เพราะส่งออกได้น้อย จึงเป็นแรงจูงใจให้เกษตรกรผู้เลี้ยงสัตว์ จำเป็นต้องใช้มันสำปะหลังให้สูตรอาหารสัตว์ เพื่อความอยู่รอดของธุรกิจ แต่เกษตรกรใช้มันสำปะหลังเป็นอาหารสัตว์ด้วยความเข้าใจมากขึ้น จนกระทั่งปัจจุบันเกษตรกรผู้เลี้ยงสุกร โคเนื้อ และโคนม ทั้งรายเล็ก กลาง ใหญ่ ยอมรับการใช้มันสำปะหลังในสูตรอาหารสัตว์กันอย่างกว้างขวาง
นอกจากนี้มันสำปะหลังยังแสดงให้เห็นถึงศักยภาพการเป็นวัตถุดิบอาหารที่เหมาะสมในการเลี้ยงไก่เนื้อ เพื่อการส่งออกด้วยจากการติดตามประเมินผลพบว่า เกษตรกรพอใจกับการใช้มันสำปะหลังในอาหารสัตว์ชนิดต่าง ๆ มาก เนื่องจากสัตว์เลี้ยงที่กินสูตรอาหารมันสำปะหลัง นอกจากจะเติบโตและให้ผลผลิตตามปกติแล้ว สัตว์เหล่านี้ยังมีสุขภาพดีขึ้นกว่าเดิมมาก ไม่ค่อยเจ็บป่วย ทำให้สามารถลดการใช้ยาปฏิชีวนะในสูตรอาหาร หรือในการเลี้ยงสัตว์ลงได้ อีกทั้งเนื้อสัตว์หรือผลผลิตจากสัตว์ เช่น ไข่ นม ก็มีรสชาติดีขึ้น มูลสัตว์มีกลิ่น และเกิดแมลงวันลดลง ที่สำคัญสัตว์มีความชอบในการกินสูตรอาหารมันสำปะหลังเป็นอย่างมาก หากสูตรอาหารนั้นได้รับการปรุงแต่งแก้ไขให้ถูกต้อง
ปัจจุบันแม้ว่ามันสำปะหลัง (มันเส้น) มีราคาสูงขึ้น แต่ฟาร์มเลี้ยงสัตว์จำนวนมากยังคงใช้มันสำปะหลังในสูตรอาหารเหมือนเดิม เนื่องจากข้อดีและข้อได้เปรียบของมันสำปะหลังที่เหนือกว่าข้าวโพด
จากความพึงพอใจของสัตว์และเกษตรกรผู้เลี้ยงสัตว์ ในการใช้มันสำปะหลังในสูตรอาหารเลี้ยงสัตว์ทำให้ต้องมีการวิเคราะห์ วิจัย รวมทั้งการหาสาเหตุและเหตุผลในข้อดีของมันสำปะหลังที่เหนือกว่าข้าวโพดที่เป็นคู่แข่งหลักในตลาดอาหารสัตว์พบว่า มันสำปะหลังมีลักษณะในเชิงอาหารสัตว์ที่โดดเด่นเหนือกว่าข้าวโพดหลายประการดังนี้
แป้งมันสำปะหลังเป็นแป้งอ่อน (soft starch) สามารถดูดน้ำได้เร็ว และเกิดการเจลลาติไนซ์ (gelatinization) ได้เร็วในระบบทางเดินอาหารของสัตว์ ซึ่งมีผลทำให้แป้งในมันสำปะหลังถูกย่อยได้เร็วในทางเดินอาหารเช่นกัน ปรากฎการณ์นี้ก่อให้เกิดผลดีกับตัวสัตว์เป็นอย่างมาก เพราะตัวสัตว์จะเกิดความเครียดจากการย่อยอาหารน้อยลง อีกทั้งแป้งที่ย่อยเร็วจะช่วยทำให้ประชากรของจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ต่อร่างกาย (non-pathogenic bacteria) ในทางเดินอาหารเพิ่มมากขึ้น และมีผลทำให้ปริมาณจุลินทรีย์ที่เป็นเชื้อโรคต่อร่างกาย (pathogenic bacteria) ในทางเดินอาหารลดลง ส่งผลต่อสัตว์ให้มีสุขภาพดีขึ้นโดยปริยาย ไม่ต้องใช้ยาปฏิชีวนะในการควบคุมเชื้อโรค อีกทั้งยังมีผลทำให้มูลสัตว์มีกลิ่นลดลงเป็นอย่างมากด้วย ในขณะที่แป้งในข้าวโพดจะเป็นแป้งแข็ง (hard starch) ซึ่งดูดน้ำได้ช้า และเกิดการเจลลาติไนซ์ในระบบทางเดินอาหารช้าตามไปด้วย สัตว์ต้องใช้ระยะเวลานานขึ้นในการย่อยข้าวโพด ทำให้อึดอัดและเกิดความเครียดมากกว่าในการย่อยอาหาร นอกจากนี้แป้งที่ย่อยได้ช้าจะทำให้การเติบโตของจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ในทางเดินอาหารลดลง และมีส่วนทำให้ปริมาณจุลินทรีย์ที่เป็นเชื้อโรคในทางเดินอาหารเพิ่มมากขึ้น ตัวสัตว์จะได้ผลกระทบจากเชื้อโรคมากขึ้น อาจต้องใช้ยาปฏิชีวนะเข้าช่วย อีกทั้งมูลสัตว์จะมีกลิ่นแรงมากขึ้นด้วย
มันสำปะหลังมีการปนเปื้อนของสารพิษ เชื้อราน้อยมากหรือไม่มีเลย เมื่อเปรียบเทียบกับข้าวโพดที่มีโอกาสปนเปื้อนของสารพิษเชื้อรามากกว่า ได้แก่ สารพิษที่สร้างโดยเชื้อราที่ขึ้นบนวัตถุดิบอาหาร เช่น สารพิษอะฟลาทอกซิน สารพิษชีราลีโนน ฯลฯ สัตว์ที่กินอาหารปนเปื้อนสารพิษเชื้อราจะแสดงอาการกินอาหารน้อยลง การเจริญเติบโตและการให้ผลผลิตน้อย สมรรถภาพการสืบพันธุ์ลดลง รวมทั้งมีผลทำให้การสร้างภูมิต้านทานโรคของสัตว์ลดลงด้วย ตัวสัตว์จะป่วยง่ายและต้องใช้ยาปฏิชีวนะในการเลี้ยงสัตว์มากขึ้น นับเป็นความโชคดีของคนไทยที่มีมันสำปะหลังเป็นพืชหลักของประเทศชนิดหนึ่ง และผลิตภัณฑ์มันสำปะหลังที่ใช้ในการเลี้ยงสัตว์ ได้แก่ มันเส้น และมันอัดเม็ดที่ผลิตโดยทั่วไป ซึ่งมักจะมีการปนเปื้อนของเชื้อราหรือมีราขึ้นโดยธรรมชาติ แต่ผลจากการวิเคราะห์และวิจัยพบว่า เชื้อราที่ขึ้นบนมันสำปะหลังไม่มีการสร้างสารพิษเชื้อราที่เป็นปัญหาต่อการเลี้ยงสัตว์แต่ประการใด หรืออาจมีการสร้างสารพิษดังกล่าวบ้าง แต่ในปริมาณที่น้อยมาก จนไม่เป็นอันตรายต่อการเลี้ยงสัตว์
มันสำปะหลังเป็นวัตถุดิบอาหารจากดิน ซึ่งจะมีจุลินทรีย์ที่เป็นประโยชน์ต่อร่างกาย โดยเฉพาะแบคทีเรียที่ผลิตกรดแลคติค (lactic acid bacteria) ปนเปื้อนมาด้วย ซึ่งแบคทีเรียชนิดนี้มีประโยชน์ต่อร่างกายสัตว์เป็นอย่างมาก โดยมีผลทำให้สัตว์มีสุขภาพดี มีความทนทานต่อเชื้อโรคต่าง ๆ ในสภาพแวดล้อมดี และทำให้การเลี้ยงสัตว์มีการใช้ยาปฏิชีวนะลดลงหรือไม่จำเป็นต้องใช้เลย
หากพิจารณาข้อได้เปรียบของมันสำปะหลังในเชิงอาหารสัตว์ดังกล่าวข้างต้นแล้วจะพบว่า มันสำปะหลังเป็นวัตถุดิบอาหารสำหรับการเลี้ยงสัตว์ในสหัสวรรษใหม่ของโลกนี้ การเลี้ยงต้องเป็นธรรมชาติ ที่สำคัญต้องมีการใช้ยาปฏิชีวนะลดลง หรือต้องไม่ใช้เลย ซึ่งนอกจากการส่งเสริมการใช้ผลิตภัณฑ์มันสำปะหลังในประเทศแล้ว กระทรวงพาณิชย์ยังได้ร่วมกับศูนย์ค้นคว้าและพัฒนาวิชาการอาหารสัตว์แห่งมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และมูลนิธิสถาบันพัฒนามันสำปะหลังแห่งประเทศไทย ตลอดจนภาคเอกชนที่เกี่ยวข้อง ดำเนินการพัฒนาสู่ทางการขยายตลาดการใช้ผลิตภัณฑ์มันสำปะหลังในต่างประเทศให้มากยิ่งขึ้นด้วยเช่นกัน ดังนั้น อนาคตของการใช้ผลิตภัณฑ์มันสำปะหลังเป็นอาหารสัตว์ทั้งตลาดในประเทศและต่างประเทศจึงเริ่มสดใสขึ้นอีกครั้ง
